O PDBFF tem uma missão tripla:
  1. Determinar as consequências ecológicas do desmatamento e da fragmentação das florestas tropicais sobre a fauna, flora e nas interações e processos ecossistêmicos na Amazônia.
  2. Treinar futuros profissionais para atuar em diversos campos de conhecimento relacionados ou não com fragmentação florestal.
  3. Transferir a informação gerada a diferentes setores da sociedade para favorecer a conservação e o uso racional dos recursos florestais.